Wdrukowywanie genomowe to proces znakowania epigenetycznego, który skutkuje ekspresją monoalleliczną podzbioru genów. Wiele z tych „wdrukowanych” genów u myszy i ludzi jest zaangażowanych we wzrost i rozwój embrionalny i pozazarodkowy, a niektóre mają wpływ na metabolizm przez całe życie. Podczas rozwoju ssaków genom przechodzi fale (prze)programowania metylacji DNA i innych znaczników epigenetycznych. Zaburzenia w tych zdarzeniach mogą powodować zaburzenia imprintingu i upośledzać rozwój. Zakłócenie wielomiejscowego nadruku (MLID) to stan, w którym defekty nadruku dotykają więcej niż jednego miejsca.
Chociaż większość przypadków z MLID ma cechy kliniczne charakterystyczne dla jednego zaburzenia imprintingu. Defekty imprintingu występują również w ciążach „trzonowych”, które charakteryzują się bardzo upośledzonym rozwojem embrionalnym, a także w innych formach zaburzeń reprodukcji, które klinicznie objawiają się jako niepłodność lub wczesna utrata ciąży.
Warianty patogenne niektórych genów kodujących białka matczynego kompleksu podkorowego (SCMC), kompleksu wielobiałkowego w oocytach ssaków, są odpowiedzialne za rzadką podgrupę pieprzyków, dwurodzicielski kompletny pieprzyk bąbelkowy (BiCHM) i inne niekorzystne skutki rozrodcze które były związane ze zmienionym stanem imprintingu oocytu, zarodka i (lub) łożyska. Odkrycie, że defekty w cytoplazmatycznym kompleksie białkowym mogą mieć poważny wpływ na metylację genomu w krytycznych momentach rozwoju gamet lub wczesnego zarodka, ma szersze implikacje wykraczające poza te stosunkowo rzadkie zaburzenia.
Oznacza to możliwość niekorzystnej fizjologii matki, odżywiania lub wspomaganego rozrodu, które mogą powodować defekty epigenetyczne w genach wdrukowanych lub innych. Tutaj dokonujemy przeglądu kluczowych kamieni milowych we wzorcowaniu metylacji DNA w żeńskiej linii zarodkowej i zarodku skupiając się na ludziach. Przedstawiamy przegląd ostatnich ustaleń dotyczących deficytów metylacji DNA powodujących BiCHM, MLID i wczesne zatrzymanie embrionalne. Podsumowujemy również zidentyfikowane mutacje SCMC w odniesieniu do wczesnego zatrzymania embrionalnego, BiCHM i MLID.
Badania przesiewowe i identyfikacja sekwencji DNA specyficznych dla samicy u jesiotra oktaploidalnego przy użyciu genomiki porównawczej z wysokoprzepustowym sekwencjonowaniem
W tym badaniu, przy użyciu porównawczych podejść genomicznych z danymi z wysokoprzepustowego sekwencjonowania, zidentyfikowano sześć kandydatów na sekwencje DNA specyficzne dla samicy oktaploidalnego jesiotra amurskiego (Acipenser schrenckii). Ich specyficzność została potwierdzona tradycyjną metodą PCR. Dwie z tych sekwencji specyficznych dla płci zostały również zweryfikowane jako specyficzne dla samic u innych ośmiu gatunków jesiotra i dwóch jesiotrów hybrydowych. Zidentyfikowane fragmenty DNA specyficzne dla samicy sugerują, że rodzina Acipenseridae ma system determinujący płeć ZZ/ZW. Jednak jedna z dwóch sekwencji DNA została usunięta u niektórych jesiotrów, takich jak jesiotr sterlet (Acipenser ruthenus), Beluga (Huso huso) i Kaluga (H. dauricus).
Różnica sekwencji specyficznych dla płci wśród jesiotrów wskazuje, że istnieją różne regiony specyficzne dla płci wśród gatunków jesiotra. Badanie to nie tylko dostarczyło sekwencji DNA specyficznych dla płci do zarządzania, konserwacji i badań mechanizmów determinacji płci u jesiotrów, ale także potwierdziło zdolność przepływu pracy do identyfikacji sekwencji DNA specyficznych dla płci u gatunków poliploidalnych o złożonych genomach.
Geny Hox ujawniają zmiany w genomowym DNA hybryd allotetraploidalnych pochodzących od Carassius auratus red var. ( samica ) × Cyprinus carpio L. (samiec)
Czynniki transkrypcyjne Hox są głównymi regulatorami rozwoju zwierząt. Choć wysoce konserwatywne, mogą przyczyniać się do tworzenia nowych cech biologicznych po modyfikacji, na przykład podczas tworzenia gatunków hybrydowych, potencjalnie służąc w ten sposób jako specyficzne gatunkowo markery molekularne. Tutaj systematycznie badaliśmy ewolucję sekwencji genomowych loci Hox w sztucznej linii allotetraploidalnej (4nAT, 4n = 200) pochodzącej z karpia czerwonego ( ♀, RCC, 2n = 100) × karp pospolity ( ♂, CC, 2n = 100) krzyżówka i jej rodzice (RCC i CC).
- Amplifikacja PCR dała 23 różne fragmenty genu Hox ze 160 klonów w 4nAT, 22 fragmenty z 90 klonów w RCC i 19 fragmentów z 90 klonów w CC.
- Dopasowanie sekwencji genów HoxA3a i HoxC10a wskazuje zarówno na dziedziczenie, jak i utratę ojcowskiego genomowego DNA w 4nAT. Gen HoxA5a z 4nAT składał się z dwóch podtypów z RCC i dwóch podtypów z CC, co wskazuje, że rekombinacja homologiczna wystąpiła w genomie hybrydowym 4nAT.
- Co więcej, 4nAT niósł genomową pseudogenizację w loci HoxA10b i HoxC13a. Co ciekawe, nowy typ genu HoxC9a został znaleziony w 4nAT jako hybrydowa sekwencja CC i RCC poprzez rekombinację w regionie intronowym.
- Wyniki ujawniły wpływ genów Hox podczas poliploidyzacji u ryb hybrydowych. Dane dostarczyły wglądu w ewolucję genomów kręgowców i mogą być korzystne dla programów sztucznej hodowli.
Geny Hox ujawniają zmienność genomowego DNA w tetraploidalnych hybrydach pochodzących od Carassius auratus red var. ( kobieta ) × Megalobrama amblycephala (mężczyzna)
Hybrydy allotetraploidalne F1 (4nF1) (AABB, 4n = 148) wytworzono z odległej hybrydyzacji Carassius auratus red var. (RCC) (AA, 2n = 100) ( ♀) × Megalobrama amblycephala (BSB) (BB, 2n = 48) ( ♂). Doniesiono, że klastry genów Hox są wysoce konserwatywne wśród roślin i kręgowców. W tym badaniu zbadaliśmy organizację genomową klastrów genów Hox w allotetraploidalnych hybrydach F1 i ich rodzicach, aby zbadać proces poliploidyzacji.
W hybrydach 4nF1 były trzy kopie genów Hox, dwie kopie w RCC i jedna kopia w BSB. Ponadto w niektórych genach Hox z 4nF1 zaobserwowano wyraźną zmienność i pseudogenizację.
Nasze wyniki ujawniają wpływ poliploidyzacji na organizację i ewolucję skupisk genów Hox u ryb, a także wyjaśniają niektóre aspekty ewolucji genomu kręgowców.
Wpływ doustnej ekspozycji na bisfenol A na ekspresję genów i globalną metylację genomowego DNA w prostacie, żeńskim gruczole sutkowym i macicy szczurów NCTR Sprague-Dawley.
Bisfenol A (BPA), przemysłowa substancja chemiczna stosowana w produkcji żywic poliwęglanowych i epoksydowych, wiąże się z jądrowym receptorem estrogenowym z powinowactwem 4-5 rzędów wielkości niższym niż estradiol. Wcześniej informowaliśmy, że „wysoki BPA” [100 000 i 300 000 µg/kg masy ciała (mc)/dzień], ale nie „niski BPA” (2,5-2700 µg/kg mc/dzień), wywoływał wyraźne niekorzystne skutki w NCTR Sprague- Szczury Dawley pobierały pokarm codziennie od 6 dnia ciąży do 90 dnia po urodzeniu (PND).
Genomic DNA - Mouse Female |
|||
| D1334999-G02 | Biochain | 100 ug | 188 EUR |
Genomic DNA - Rat Female |
|||
| D1434999-G02 | Biochain | 100 ug | 188 EUR |
Genomic DNA - Dog Female |
|||
| D1734999-G02 | Biochain | 100 ug | 188 EUR |
Genomic DNA - Rabbit Female |
|||
| D1834999-G02 | Biochain | 100 ug | 188 EUR |
Genomic DNA - Porcine Female |
|||
| D1934999-G02 | Biochain | 100 ug | 188 EUR |
Genomic DNA - Chicken Female |
|||
| D1C34999-G02 | Biochain | 100 ug | 188 EUR |
Genomic DNA - Hamster Female |
|||
| D1H34999-G02 | Biochain | 100 ug | 188 EUR |
Genomic DNA - Horse Female |
|||
| D1O34999-G02 | Biochain | 100 ug | 188 EUR |
Genomic DNA - Cynomolgus Monkey Female |
|||
| D1534999-Cy-G02 | Biochain | 100 ug | 188 EUR |
Genomic DNA - Rhesus Monkey Female |
|||
| D1534999-G02 | Biochain | 100 ug | 188 EUR |
Genomic DNA - Guinea Pig Female |
|||
| D1G34999-G02 | Biochain | 100 ug | 188 EUR |
Genomic DNA - Bovine Male |
|||
| D1B34999-G01 | Biochain | 100 ug | 188 EUR |
Human Genomic DNA |
|||
| BIO-35025 | Bioline | 500µl @ 200ng/µl | Ask for price |
Human Genomic DNA |
|||
| X11000 | EpiGentek | 0.2 ml | Ask for price |
Genomic DNA Kit |
|||
| 20-abx098076 | Abbexa |
|
|
Human Brain Genomic DNA |
|||
| X11001 | EpiGentek | 10 µg | Ask for price |
Plant Genomic DNA Kit |
|||
| 20-abx098077 | Abbexa |
|
|
Bacteria Genomic DNA Kit |
|||
| 20-abx098080 | Abbexa |
|
|
Micro Genomic DNA Kit |
|||
| 20-abx098242 | Abbexa |
|
|
Blood Genomic DNA Kit |
|||
| abx098868-50rxns | Abbexa | 50 rxns | 272 EUR |
Plant Genomic DNA Kit |
|||
| abx294004-50preps | Abbexa | 50 preps | 398 EUR |
Animal Genomic DNA Kit |
|||
| abx294005-100preps | Abbexa | 100 preps | 523 EUR |
Animal Genomic DNA Kit |
|||
| abx294005-50preps | Abbexa | 50 preps | 398 EUR |
Genomic DNA Isolation Kit |
|||
| K2118-50 | ApexBio | 50 assays | 321 EUR |
Soil Genomic DNA Kit |
|||
| K1411-250 | Biovision | 561 EUR | |
Soil Genomic DNA Kit |
|||
| K1411-50 | Biovision | 316 EUR | |
Insect Genomic DNA Kit |
|||
| K1412-250 | Biovision | 561 EUR | |
Insect Genomic DNA Kit |
|||
| K1412-50 | Biovision | 316 EUR | |
Mollusc Genomic DNA Kit |
|||
| K1413-250 | Biovision | 561 EUR | |
Mollusc Genomic DNA Kit |
|||
| K1413-50 | Biovision | 316 EUR | |
Yeast Genomic DNA Kit |
|||
| K1414-250 | Biovision | 561 EUR | |
Yeast Genomic DNA Kit |
|||
| K1414-50 | Biovision | 316 EUR | |
Fungal Genomic DNA Kit |
|||
| K1415-250 | Biovision | 561 EUR | |
Fungal Genomic DNA Kit |
|||
| K1415-50 | Biovision | 316 EUR | |
Genomic DNA Isolation Kit |
|||
| K281-50 | Biovision | 272 EUR | |
Genomic DNA - Human Male |
|||
| D1234999-G01 | Biochain | 100 ug | 188 EUR |
Genomic DNA - Mouse Male |
|||
| D1334999-G01 | Biochain | 100 ug | 188 EUR |
Genomic DNA - Rat Male |
|||
| D1434999-G01 | Biochain | 100 ug | 188 EUR |
Genomic DNA - Dog Male |
|||
| D1734999-G01 | Biochain | 100 ug | 188 EUR |
Genomic DNA - Rabbit Male |
|||
| D1834999-G01 | Biochain | 100 ug | 188 EUR |
Genomic DNA - Porcine Male |
|||
| D1934999-G01 | Biochain | 100 ug | 188 EUR |
Genomic DNA - Chicken Male |
|||
| D1C34999-G01 | Biochain | 100 ug | 188 EUR |
Genomic DNA - Hamster Male |
|||
| D1H34999-G01 | Biochain | 100 ug | 188 EUR |
Genomic DNA - Horse Male |
|||
| D1O34999-G01 | Biochain | 100 ug | 188 EUR |
Genomic DNA Extraction Kit |
|||
| K5016005 | Biochain | 1 kit | 329 EUR |
Genomic DNA Isolation Kit |
|||
| 55R-1362 | Fitzgerald | 50 assays | 385 EUR |
Genomic DNA Extraction and Purification |
|||
| EP10012 | Neuromics | 100 Tests | 505 EUR |
Genomic DNA Extraction KitAnimal Tissue |
|||
| FYG102-100P | Yeastern Biotech | 100 Preps | Ask for price |
Genomic DNA Extraction KitAnimal Tissue |
|||
| FYG102-300P | Yeastern Biotech | 300 Preps | Ask for price |
Genomic DNA Extraction KitAnimal Tissue |
|||
| FYG102-50P | Yeastern Biotech | 50 Preps | Ask for price |
Genomic DNA Extraction Maxi KitPlant |
|||
| FYG104-10P | Yeastern Biotech | 10 Preps | Ask for price |
Genomic DNA Extraction Maxi KitPlant |
|||
| FYG104-25P | Yeastern Biotech | 25 Preps | Ask for price |
ISOLATE II Genomic DNA Kit |
|||
| BIO-52065 | Bioline | 10 preps | Ask for price |
ISOLATE II Genomic DNA Kit |
|||
| BIO-52066 | Bioline | 50 preps | Ask for price |
ISOLATE II Genomic DNA Kit |
|||
| BIO-52067 | Bioline | 250 preps | Ask for price |
Plant Genomic DNA extraction buffer |
|||
| 20-abx098075 | Abbexa |
|
|
Marine Animal Genomic DNA Kit |
|||
| 20-abx098079 | Abbexa |
|
|
FFPE Tissue Genomic DNA Kit |
|||
| abx098866-50rxns | Abbexa | 50 rxns | 272 EUR |
Zenoquick Genomic DNA Purification Kit |
|||
| Z2003-200 | GenDepot | 200 preps | 631 EUR |
Zenoprep Genomic DNA Purification Kit |
|||
| Z2004-400 | GenDepot | 400 preps | 550 EUR |
AccuRT Genomic DNA Removal Kit |
|||
| G488 | ABM | 200 Reactions | 82 EUR |
Bacterial Genomic DNA Isolation Kit |
|||
| K309-100 | Biovision | 376 EUR | |
Genomic DNA - Cynomolgus Monkey Male |
|||
| D1534999-Cy-G01 | Biochain | 100 ug | 188 EUR |
Genomic DNA - Rhesus Monkey Male |
|||
| D1534999-G01 | Biochain | 100 ug | 188 EUR |
Genomic DNA - Guinea Pig Male |
|||
| D1G34999-G01 | Biochain | 100 ug | 188 EUR |
100 BP DNA LADDER, 500UL PER KIT |
|||
| M-DNA-100BP | CORNING | 1/pk | 73 EUR |
1 KB DNA LADDER, 500UL PER KIT |
|||
| M-DNA-1KB | CORNING | 1/pk | 70 EUR |
Rapid Fungal Genomic DNA Isolation Kit |
|||
| FT71415 | Bio Basic | 50Preps | 76.64 EUR |
Genomic DNA Extraction Mini KitPlant Tissue |
|||
| FYG103-100P | Yeastern Biotech | 100 Preps | Ask for price |
Easy3-Plant Genomic DNA Isolation Kit |
|||
| FYG503-100P | Yeastern Biotech | 100 Preps | Ask for price |
Easy3-Plant Genomic DNA Isolation Kit |
|||
| FYG503-500P | Yeastern Biotech | 500 Preps | Ask for price |
Fully CpG Methylated Human Genomic DNA |
|||
| X10000 | EpiGentek | 10 µg/100 µl | Ask for price |
Rapid Bacteria Genomic DNA Isolation Kit |
|||
| BS8225 | Bio Basic | 50Preps | 76.64 EUR |
Rapid Yeast Genomic DNA Extraction Kit |
|||
| BS8227 | Bio Basic | 50Preps | 76.64 EUR |
Rapid Blood Genomic DNA Extraction Kit |
|||
| BT4782 | Bio Basic | 50Preps | 76.64 EUR |
Rapid Animal Genomic DNA Extraction Kit |
|||
| AT4780 | Bio Basic | 10Preps | 69.03 EUR |
Rapid Animal Genomic DNA Extraction Kit |
|||
| AT4781 | Bio Basic | 50Preps | 126.13 EUR |
Rapid Animal Genomic DNA Extraction Kit |
|||
| AT4782 | Bio Basic | 250preps | 354.5 EUR |
Genomic DNA Kit (No RNase A) |
|||
| 20-abx098862 | Abbexa |
|
|
Plant Tissue Genomic DNA Isolation Kit |
|||
| K316-100 | Biovision | 376 EUR | |
Mammalian Cell Genomic DNA Isolation Kit |
|||
| K967-100 | Biovision | 381 EUR | |
One-tube Plant Genomic DNA Extraction Kit |
|||
| PT71816 | Bio Basic | 100preps | 88.06 EUR |
One-tube Plant Genomic DNA Extraction Kit |
|||
| PT71817 | Bio Basic | 500Preps, 500prep | 202.25 EUR |
Blood Genomic DNA Extraction Mini Kit (100prep) |
|||
| FABGK-100 | Favorgen | 100 preps | 165 EUR |
Blood Genomic DNA Extraction Mini Kit (300prep) |
|||
| FABGK-300 | Favorgen | 300 preps | 266 EUR |
FavorPrep Genomic DNA Clean-Up Kit (50prep) |
|||
| FAGDC-001 | Favorgen | 50 preps | 129 EUR |
FavorPrep Genomic DNA Clean-Up Kit (200prep) |
|||
| FAGDC-001-1 | Favorgen | 200 preps | 204 EUR |
Plant Genomic DNA Extraction Mini Kit (50prep) |
|||
| FAPGK-001 | Favorgen | 50 preps | 158 EUR |
Plant Genomic DNA Extraction Mini Kit (100prep) |
|||
| FAPGK-001-1 | Favorgen | 100 preps | 204 EUR |
Plant Genomic DNA Extraction Mini Kit (200prep) |
|||
| FAPGK-001-2 | Favorgen | 200 preps | 274 EUR |
Plant Genomic DNA Extraction Maxi Kit (10prep) |
|||
| FAPGK-002 | Favorgen | 10 preps | 201 EUR |
Plant Genomic DNA Extraction Maxi Kit (24prep) |
|||
| FAPGK-002-1 | Favorgen | 24 preps | 317 EUR |
Genomic DNA Extraction Mini KitBlood/Cultured Cells |
|||
| FYG100-300P | Yeastern Biotech | 300 Preps | Ask for price |
Genomic DNA Extraction Mini KitBlood/Cultured Cells |
|||
| FYG101-100P | Yeastern Biotech | 100 Preps | Ask for price |
gRazor, Genomic DNA Removal Enzyme Mix(5X) |
|||
| R5800-100 | GenDepot | 100ul | 300 EUR |
gRazor, Genomic DNA Removal Enzyme Mix(5X) |
|||
| R5800-500 | GenDepot | 500ul | 1144 EUR |
Mouse Tail Genomic DNA Extraction Kit(250) |
|||
| M9100-250 | GenDepot | 250 prep | 536 EUR |
5-min. Genomic DNA Prep for PCR |
|||
| P930-100 | 101Bio | - | Ask for price |
- Efekty „wysokiego BPA” częściowo pokrywały się z efektami etynyloestradiolu (EE2, 0,5 i 5,0 µg/kg mc/dzień).
- Aby dalej ocenić potencjał „niskiego BPA” do wywoływania skutków biologicznych, tutaj oceniliśmy globalną metylację genomowego DNA i ekspresję genów w prostacie i żeńskich gruczołach sutkowych, tkankach zidentyfikowanych wcześniej jako potencjalne cele BPA oraz macicy, wrażliwej na estrogen- wrażliwa tkanka.
- Obie dawki modulowanej ekspresji genów EE2, w tym znane geny reagujące na estrogeny, oraz globalne dane dotyczące ekspresji genów PND 4 wykazały częściowe nakładanie się efektów „wysokiego BPA” z efektami EE2.
- Dawki „niskie BPA” modulowały ekspresję kilku genów; jednak brak odpowiedzi na dawkę zmniejsza prawdopodobieństwo, że zmiany te były przyczynowo związane z leczeniem.
- Wyniki te są zgodne z wynikami toksyczności.