Ocena frakcji komórek rakowych jest ważna dla dokładnej analizy molekularnej, a analiza patologiczna jest złotym standardem oceny. Pomimo potencjalnej wygody nie są dostępne żadne ustalone markery molekularne do oceny. W tym badaniu mieliśmy na celu identyfikację markerów frakcji komórek raka jajnika przy użyciu metylacji DNA wysoce specyficznej dla komórek raka jajnika. Korzystając z danych dotyczących metylacji DNA całego genomu, przebadaliśmy kandydujące geny markerowe zmetylowane w 30 próbkach raka jajnika FFPE i 12 liniach komórkowych surowiczego raka jajnika o wysokim stopniu złośliwości oraz niemetylowane w dwóch żeńskich leukocytach i dwóch normalnych próbkach komórek nabłonka jajowodów.
Poziomy metylacji dwóch genów, SIM1 i ZNF154, wykazały wysoką korelację z frakcjami patologicznych komórek raka wśród 30 próbek raka jajnika FFPE (R = 0,61 dla SIM1, 0,71 dla ZNF154). W celu opłacalnej analizy próbek FFPE zaprojektowano i pomyślnie ustanowiono startery do pirosekwencjonowania dla SIM1 i ZNF154. Potwierdzono, że korelacja pomiędzy patologiczną frakcją komórek nowotworowych a poziomami metylacji uzyskanymi przez pirosekwencjonowanie jest wysoka (R = 0,53 dla SIM1, 0,64 dla ZNF154).Na koniec przeanalizowano niezależną kohortę walidacyjną 29 próbek raka jajnika FFPE. Metylacja ZNF154 wykazała wysoką korelację z patologiczną frakcją komórek nowotworowych (R = 0,77, P < 0,0001). Dlatego też uznano, że poziom metylacji ZNF154 jest przydatny do szacowania frakcji komórek raka jajnika i oczekuje się, że pomoże w dokładnej analizie molekularnej.
Walidacja markera DNA – selekcja wspomagana pod kątem produktywności biomasy paszowej podczas nawadniania deficytowego u lucerny
Susza i ograniczone zasoby irygacyjne zagrażają zrównoważeniu rolnictwa w wielu regionach świata. Zastosowanie strategii hodowlanych opartych na genomie może korzystnie wpłynąć na rozwój odmian roślin uprawnych w tych środowiskach. Tutaj przedstawiamy pierwszy raport na temat wpływu zastosowania selekcji wspomaganej markerami DNA (MAS) na ilościową cechę odporności na suszę u lucerny (Medicago sativa L.).
- Celem tego badania była walidacja wpływu kilku loci cech ilościowych (QTL) związanych z biomasą lucerny i korzenia (CR) podczas suszy oraz określenie ich potencjału do poprawy wydajności paszy z elitarnej plazmy zarodkowej w warunkach ograniczonej dostępności wody.
- Do introgresji korzystnych lub niekorzystnych alleli markerowych DNA związanych z 10 biomasą QTL do trzech elitarnych środowisk zastosowano selekcję wspomaganą markerem.
- Trzydzieści dwie populacje zostały opracowane i ocenione pod kątem wydajności paszy w ciągu 3 lat w warunkach ciągłego zarządzania nawadnianiem deficytowym w stanie Nowy Meksyk w USA. Znaczące różnice w plonach (w zakresie od -13 do 26%) wykryto wśród niektórych populacji pochodzących z MAS we wszystkich trzech elitarnych środowiskach.
- Zastosowanie QTL MAS generalnie skutkowało oczekiwanymi odpowiedziami fenotypowymi w elitarnym tle genetycznym, które było podobne do tego, w którym pierwotnie zidentyfikowano QTL.
- Jednak względna wydajność populacji różniła się znacznie w trzech tłach genetycznych. Wyniki te wskazują, że QTL MAS może znacząco wpływać na produktywność paszy z elitarnej plazmy zarodkowej lucerny w środowiskach narażonych na suszę.
- Jednakże, jeśli QTL biomasy zostanie wykryte w plazmie zarodkowej dawcy, która jest genetycznie niepodobna do docelowych populacji elitarnych, charakterystyka alleli dawców może być uzasadniona w elitarnym tle zainteresowania w celu potwierdzenia ich efektów fenotypowych przed wdrożeniem hodowli opartej na MAS.
Charakterystyka metylacji DNA i ekspresji miko-RNA oraz badania przesiewowe markerów epigenetycznych w adipogenezie
Celem pracy było wykorzystanie metod bioinformatycznych do scharakteryzowania zmian epigenetycznych pod kątem ekspresji mikro-RNA(miRNA) i metylacji DNA podczas adipogenezy. Mikromacierz ekspresji mRNA i miRNA oraz zestaw danych metylacji DNA uzyskano z bazy danych GEO. Geny o zróżnicowanej ekspresji (DEG), miRNA o zróżnicowanej ekspresji (DEM) i sondy o zróżnicowanej metylacji (DMP) zostały przefiltrowane przy użyciu pakietu limma. Pakiet profilu klastra języka R został wykorzystany do analizy funkcjonalnej i wzbogacania.
Sieć interakcji białko-białko (PPI) została skonstruowana przy użyciu STRING i zwizualizowana w Cytoscape. Narzędzie internetowe Connection map (CMap) zostało użyte do przeszukiwania potencjalnych leków terapeutycznych pod kątem adipogenezy. Porównując wczesne i późne etapy adipogenezy, uzyskano 111 genów regulowanych w górę ukierunkowanych na niski poziom miRNA i 64 genów regulowanych w dół ukierunkowanych na wysokie miRNA , a także 663 genów o wysokiej ekspresji o niskiej metylacji i 237 genach o wysokiej ekspresji o wysokiej metylacji.
Ponadto 41 genów (24 podwyższone i 17 obniżone) było jednocześnie regulowanych przez nieprawidłowe zmiany miRNA i metylację DNA. Zidentyfikowano dziesięć substancji chemicznych jako przypuszczalne środki lecznicze na adipogenezę. Ponadto wśród zidentyfikowanych genów o podwójnej regulacji, CANX, HNRNPA1, MCL1 i PPIF mogą odgrywać kluczową rolę w epigenetycznej regulacji adipogenezy i mogą służyć jako nieprawidłowa metylacja lub biomarkery ukierunkowane na miRNA.
Trafność kliniczna krążącego DNA guza jako markera prognostycznego i predykcyjnego dla spersonalizowanego postępowania z rakiem jelita grubego
Krążące DNA guza (ctDNA) jest obiecującym markerem biopsji płynnej (LB), wspierającym decyzje kliniczne w medycynie precyzyjnej. W celu wdrożenia do rutynowej praktyki klinicznej, klinicyści potrzebują precyzyjnych wartości granicznych poziomu ctDNA do zgłaszania choroby resztkowej i monitorowania zmian masy guza podczas terapii. Potwierdziliśmy klinicznie granicę ślepej próby (LOB) i granicę oznaczalności (LOQ) testów dla najistotniejszych klinicznie wariantów somatycznych BRAF p.V600E i KRAS p.G12/p.G13 w raku jelita grubego (CRC) w badanej kohorcie obejmujący łącznie 212 próbek osocza.
Udowadniamy, że wykrywanie choroby resztkowej przy użyciu LOB jako klinicznie zweryfikowanego punktu odcięcia dla dodatniego wyniku ctDNA jest zgodne z klinicznymi dowodami przerzutów lub nawrotów. Ponadto pokazujemy, że zmiany masy guza podczas chemioterapii i przebieg choroby są prawidłowo przewidywane przy użyciu LOQ jako punktu odcięcia ilościowych zmian ctDNA. Wysoki potencjał LB przy użyciu ctDNA do dokładnego przewidywania przebiegu choroby został udowodniony przez bezpośrednie porównanie z rutynowo stosowanym antygenem rakowo-płodowym (CEA) oraz stężeniem krążącego wolnego DNA (cfDNA). Nasze wyniki pokazują, że LB przy użyciu zwalidowanych testów ctDNA przewyższa CEA i cfDNA w wykrywaniu chorób resztkowych i przewidywaniu zmian obciążenia guzem.
Wyższa liczba mitochondrialnego DNA policzkowego i wspólna mitochondrialna liczba delecji są związane z markerami neurodegeneracji i stanu zapalnego w płynie mózgowo-rdzeniowym
Zakażenie ludzkim wirusem niedoboru odporności (HIV) jest potencjalnie związane z przedwczesnym starzeniem się, ale wykazanie tego jest trudne ze względu na brak wiarygodnych biomarkerów. Mutacja „powszechna delecja” mitochondrialnego (mt) DNA (mtCDM) to delecja 4977 pz związana ze starzeniem się i chorobami neurodegeneracyjnymi. Zbadaliśmy, jak mtDNA i mtCDM korelują z markerami neurodegeneracji i stanu zapalnego u osób z HIV i bez HIV (PWH i PWOH).
Dane od 149 dorosłych zostały połączone z dwóch projektów obejmujących PWH (n = 124) i PWOH (n = 25). Zmierzyliśmy policzkowe mtDNA i mtCDM za pomocą cyfrowej kroplowej PCR i porównaliśmy je z cechami chorobowymi i demograficznymi oraz rozpuszczalnymi biomarkerami w płynie mózgowo-rdzeniowym (CSF) i krwi mierzonymi za pomocą testu immunologicznego. Średnia wieku uczestników wynosiła 52 lata, 53% rasy białej i 81% mężczyzn. Mediana poziomu mtDNA wyniosła 1332 kopii/komórkę (IQR 1201-1493) , a mediana poziomu mtCDM wyniosła 0,36 kopii × 102 / komórkę (IQR 0,31-0,42); oba były wyższe w PWH.
100bp plus Ladder (no loading dye, 100-1500 bp) |
|||
| 306-005 | GeneOn | 50µg/250µl | 60 EUR |
100bp plus Ladder (no loading dye, 100-1500 bp) |
|||
| 306-025 | GeneOn | 5x50 µg | 144 EUR |
100bp DNA Marker |
|||
| D1100-050 | GenDepot | 50㎍ | 198 EUR |
100bp DNA Marker |
|||
| D1100-250 | GenDepot | 5X50㎍ | 660 EUR |
100bp DNA Marker |
|||
| 20-abx098052 | Abbexa |
|
|
2X PCR Taq Plus MasterMix with dye |
|||
| G014-dye | ABM | 5.0 ml (200 Rxns) | 127.2 EUR |
2X PCR Taq Plus MasterMix with dye |
|||
| G901-dye | ABM | 25.0 ml (1000 Rxns) | 358.8 EUR |
100bp DNA Marker Plus-50, Ready-to-use |
|||
| D1103-050 | GenDepot | 500 ul | 181.2 EUR |
100bp DNA Marker Plus-50, Ready-to-use |
|||
| D1103-100 | GenDepot | 2x500 ul | 230.4 EUR |
100bp Plus DNA Marker (12 linear double-stranded DNA bands) |
|||
| 20-abx098053 | Abbexa |
|
|
100bp Plus DNA Marker (14 linear double-stranded DNA bands) |
|||
| 20-abx098054 | Abbexa |
|
|
100 BP DNA LADDER, 500UL PER KIT |
|||
| M-DNA-100BP | CORNING | 1/pk | 87.6 EUR |
100bp PCR Ranger DNA Marker, 100bp-To-3Kb |
|||
| D1108-100 | GenDepot | 1ml | 264 EUR |
100bp PCR Ranger DNA Marker, 100bp-To-3Kb |
|||
| D1108-200 | GenDepot | 2x1ml | 370.8 EUR |
100bp PCR Ranger DNA Marker, 100bp-To-3Kb, Concentrated |
|||
| D2108-500 | GenDepot | 10x50ug | 1081.2 EUR |
100bp plus DNA ladder (blue, ready-to-use) |
|||
| 304-105 | GeneOn | 50µg/500µl | 60 EUR |
100bp plus DNA ladder (blue, ready-to-use) |
|||
| 304-125 | GeneOn | 5x50 µg | 144 EUR |
1Kb Plus DNA Marker |
|||
| 20-abx098051 | Abbexa |
|
|
DL2000 Plus DNA Marker |
|||
| MD101-01 | Vazyme | 250 μl | 128.4 EUR |
DL2000 Plus DNA Marker |
|||
| MD101-02 | Vazyme | 500 μl | 135.6 EUR |
GelRed Prestain Plus 6X DNA Loading Dye |
|||
| 41011 | Biotium | 1mL | 176.4 EUR |
1000bp/1kb DNA ladder (no loading dye) |
|||
| 305-005 | GeneOn | 50µg/250µl | 60 EUR |
1000bp/1kb DNA ladder (no loading dye) |
|||
| 305-025 | GeneOn | 5x50µg | 144 EUR |
100bp DNA ladder |
|||
| 9K-004-0002 | Bio Basic | 0.5ml | 260.98 EUR |
2X PCR Taq MasterMix with dye |
|||
| G013-dye | ABM | 5.0 ml (200 Rxns) | 104.4 EUR |
2X PCR TaqFast MasterMix with dye |
|||
| G280-dye | ABM | 5.0 ml (200 Rxns) | 160.8 EUR |
Kodaq 2X PCR MasterMix with dye |
|||
| G497-dye | ABM | 5.0 ml (200 Rxns) | 189.6 EUR |
2X PCR Taq MasterMix with dye |
|||
| G900-dye | ABM | 25.0 ml (1000 Rxns) | 246 EUR |
2X PCR HotStart MasterMix with dye |
|||
| G906-dye | ABM | 5.0 ml (200 Rxns) | 189.6 EUR |
iVDye 100bp DNA Ladder |
|||
| V1002-001 | GenDepot | 1ml | 199.2 EUR |
iVDye 100bp DNA Ladder |
|||
| V1002-025 | GenDepot | 250ul | 96 EUR |
iVDye 100bp DNA Ladder |
|||
| V1002-100 | GenDepot | 4x250ul | 195.6 EUR |
iVDye 100bp DNA Ladder |
|||
| V1002-250 | GenDepot | 10X250ul | 378 EUR |
2X PCR Precision™ MasterMix with dye |
|||
| G124-dye | ABM | 5.0 ml (200 Rxns) | 195.6 EUR |
One-Step RT-PCR Kit with dye |
|||
| G174-dye | ABM | 100 x 50 ul reactions | 279.6 EUR |
2X PCR Bestaq™ MasterMix with dye |
|||
| G464-dye | ABM | 5.0 ml (200 Rxns) | 189.6 EUR |
2X PCR SensTaq HotStart MasterMix with Dye |
|||
| G939-Dye | ABM | 5.0 ml (200 Rxns) | 189.6 EUR |
2 × Taq Plus Master Mix (Dye Plus) |
|||
| P212-01 | Vazyme | 5 ml | 159.6 EUR |
2 × Taq Plus Master Mix (Dye Plus) |
|||
| P212-02 | Vazyme | 15 ml | 231.6 EUR |
2 × Taq Plus Master Mix (Dye Plus) |
|||
| P212-03 | Vazyme | 50 ml | 466.8 EUR |
50bp DNA ladder (no loading dye) (50bp - 1000 bp) |
|||
| 300009 | GeneOn | 50µg/250µl | 60 EUR |
50bp DNA ladder (no loading dye) (50bp - 1000 bp) |
|||
| 300010 | GeneOn | 5x50 µg | 144 EUR |
DNA Loading Dye |
|||
| G030 | ABM | 6X; 3 x 1.0 ml | 94.8 EUR |
Green-DNA Dye |
|||
| SB2040 | Bio Basic | 100UL, 100UL | 80.88 EUR |
2 × Taq Plus Master Mix II (Dye Plus) |
|||
| P213-01 | Vazyme | 5 ml | 160.8 EUR |
2 × Taq Plus Master Mix II (Dye Plus) |
|||
| P213-02 | Vazyme | 15 ml | 231.6 EUR |
2 × Taq Plus Master Mix II (Dye Plus) |
|||
| P213-03 | Vazyme | 50 ml | 466.8 EUR |
One-for-all DNA ladder ready-to-use (100bp - 10 kb, 1 dye) |
|||
| 300005 | GeneOn | 86µg/500µl | 84 EUR |
One-for-all DNA ladder ready-to-use (100bp - 10 kb, 1 dye) |
|||
| 300006 | GeneOn | 5x86 µg | 253.2 EUR |
One-for-all DNA ladder ready-to-use (100bp - 10 kb, 1 dye) |
|||
| 300006L | GeneOn | 10x86 µg | 465.6 EUR |
One-for-all DNA ladder ready-to-use (100bp - 10 kb, 1 dye) |
|||
| 300006XL | GeneOn | 20x86 µg | 894 EUR |
2 × Taq Master Mix (Dye Plus) |
|||
| P112-01 | Vazyme | 5 ml | 140.4 EUR |
2 × Taq Master Mix (Dye Plus) |
|||
| P112-02 | Vazyme | 15 ml | 175.2 EUR |
2 × Taq Master Mix (Dye Plus) |
|||
| P112-03 | Vazyme | 50 ml | 283.2 EUR |
2 × AceTaq Master Mix (Dye Plus) |
|||
| P412-01 | Vazyme | 1 ml | 142.8 EUR |
2 × AceTaq Master Mix (Dye Plus) |
|||
| P412-02 | Vazyme | 5 ml | 189.6 EUR |
2 × AceTaq Master Mix (Dye Plus) |
|||
| P412-03 | Vazyme | 15 ml | 314.4 EUR |
2K Plus DNA Marker (8 linear double-stranded DNA bands) |
|||
| 20-abx098046 | Abbexa |
|
|
2K Plus DNA Marker (9 linear double-stranded DNA bands) |
|||
| 20-abx098047 | Abbexa |
|
|
DNA Loading Green Dye |
|||
| G924 | ABM | 6X; 3 x 1.0 ml | 94.8 EUR |
200-2000bp DNA Marker Plus, Ready-to-use |
|||
| GM401 | Bio Basic | 50loading, 50prep | 72.53 EUR |
100-5000bp DNA Marker Plus, Ready-to-use |
|||
| SGM03 | Bio Basic | 50loading, 50prep | 80.88 EUR |
TaqProbe 5X qPCR MasterMix-No Dye |
|||
| MasterMix-5PS | ABM | 4 x 1.0 ml for 1000 reactions (20 ul) | 255.6 EUR |
BrightGreen 5X qPCR MasterMix-No Dye |
|||
| MasterMix-5S | ABM | 4 x 1.0 ml for 1000 reactions (20 ul) | 255.6 EUR |
KiloGreen 2X qPCR MasterMix-No Dye |
|||
| MasterMix-KS | ABM | 4 x 1.25 ml - 500 reactions (20 ul) | 168 EUR |
BrightGreen miRNA qPCR MasterMix-No Dye |
|||
| MasterMix-mS | ABM | 4 x 1.25 ml for 500 reactions | 181.2 EUR |
TaqProbe 2X qPCR MasterMix-No Dye |
|||
| MasterMix-PS | ABM | 4 x 1.25 ml for 500 reactions (20 ul) | 168 EUR |
BrightGreen 2X qPCR MasterMix-No Dye |
|||
| MasterMix-S | ABM | 4 x 1.25 ml for 500 reactions (20 ul) | 168 EUR |
BrightGreen 2X qPCR MasterMix-No Dye |
|||
| MasterMix-S-XL | ABM | 16 x 1.25 ml for 2000 reactions (20 ul) | 451.2 EUR |
KP Marker Plus |
|||
| KPM-1 | ScyTek Laboratories | 12 Pen(s) | 140.4 EUR |
2 × Vazyme LAmp Master Mix (Dye Plus) |
|||
| P312-01 | Vazyme | 1 ml | 165.6 EUR |
2 × Vazyme LAmp Master Mix (Dye Plus) |
|||
| P312-02 | Vazyme | 5 ml | 254.4 EUR |
2 × Vazyme LAmp Master Mix (Dye Plus) |
|||
| P312-03 | Vazyme | 15 ml | 481.2 EUR |
2 × Phanta Max Master Mix (Dye Plus) |
|||
| P525-01 | Vazyme | 1 ml | 174 EUR |
2 × Phanta Max Master Mix (Dye Plus) |
|||
| P525-02 | Vazyme | 5 ml | 322.8 EUR |
2 × Phanta Max Master Mix (Dye Plus) |
|||
| P525-03 | Vazyme | 15 ml | 690 EUR |
Taq Plus DNA Polymerase |
|||
| P201-01 | Vazyme | 250 U | 147.6 EUR |
Taq Plus DNA Polymerase |
|||
| P201-02 | Vazyme | 1000 U | 213.6 EUR |
Taq Plus DNA Polymerase |
|||
| P201-03 | Vazyme | 3000 U | 382.8 EUR |
Azura PureView 100bp DNA Ladder - 100 Lanes |
|||
| AZ-1131 | Real Time Primers | 100 Lanes | 140.4 EUR |
Azura PureView 100bp DNA Ladder - 500 Lanes |
|||
| AZ-1135 | Real Time Primers | 500 Lanes | 277.2 EUR |
Azura PureView 100bp DNA Ladder - 1000 Lanes |
|||
| AZ-1135-2 | Real Time Primers | 1000 Lanes | 326.4 EUR |
BrightGreen Express 2X qPCR MasterMix-No Dye |
|||
| MasterMix-ES | ABM | 4 x 1.25 ml for 500 reactions (20 ul) | 168 EUR |
One-Step BrightGreen qRT-PCR-No Dye |
|||
| G471-S | ABM | 100 rxn (20 ul/rxn) | 189.6 EUR |
One-Step TaqProbe qRT-PCR-No Dye |
|||
| G493-PS | ABM | 100 rxn (20 ul/rxn) | 189.6 EUR |
2× EpiArt HS Taq Master Mix (Dye Plus) |
|||
| EM202-01 | Vazyme | 1ml | 174 EUR |
2× EpiArt HS Taq Master Mix (Dye Plus) |
|||
| EM202-02 | Vazyme | 5 ml (5×1ml) | 363.6 EUR |
2× EpiArt HS Taq Master Mix (Dye Plus) |
|||
| EM202-03 | Vazyme | 15 ml (15×1ml) | 770.4 EUR |
100 bp DNA Ladder Plus, loading dye included, 50 ug, 0.5 ug per lane |
|||
| Z6030001-2 | Biochain | 100 lanes | 122.4 EUR |
100 bp DNA Ladder Plus, loading dye included, 250 ug, 0.5 ug per lane |
|||
| Z6030001-4 | Biochain | 500 lanes | 310.8 EUR |
HyperLadder 100bp |
|||
| BIO-33029 | Bioline | 200 Lanes | Ask for price |
HyperLadder 100bp |
|||
| BIO-33029/S | Bioline | Sample | Ask for price |
HyperLadder 100bp |
|||
| BIO-33030 | Bioline | 500 Lanes | Ask for price |
HyperLadder 100bp |
|||
| BIO-33056 | Bioline | 100 Lanes | Ask for price |
1 KB DNA LADDER, 500UL PER KIT |
|||
| M-DNA-1KB | CORNING | 1/pk | 84 EUR |
ExCellenCT One-Step BrightGreen qRT-PCR-No Dye |
|||
| G917-S | ABM | 25 Preps 100 x 20 ul reactions | 212.4 EUR |
ExCellenCT One-Step TaqProbe qRT-PCR-No Dye |
|||
| G918-PS | ABM | 25 Preps 100 x 20 ul reactions | 212.4 EUR |
Bio-Star Mastermix with SYBR (2X) no dye |
|||
| Y210 | GeneOn | 100 rcs (2,5 ml) | 106.8 EUR |
Green-DNA Dye, ready to use |
|||
| DT81414 | Bio Basic | 1.5ml, 1.5ml | 153.96 EUR |
Recombinant Taq Plus DNA Polymerase |
|||
| 7-03631 | CHI Scientific | 250U | Ask for price |
W najlepszym modelu dostosowanym do statusu HIV i demografii, wyższe poziomy mtDNA wiązały się z wyższymi poziomami amyloidu-β 1-42 i 8-hydroksy-2′-deoksyguanozyny w płynie mózgowo-rdzeniowym, a wyższe poziomy mtCDM wiązały się z wyższymi rozpuszczalnym w osoczu receptorem czynnika martwicy nowotworu II. Różnice w markerach mtDNA między PWH i PWOH wspierają potencjalne przedwczesne starzenie się PWH. Nasze odkrycia sugerują, że zmiany mtDNA w tkankach jamy ustnej mogą odzwierciedlać procesy ośrodkowego układu nerwowego, umożliwiając wykorzystanie niedrogich i łatwo dostępnych biopróbek policzkowych jako narzędzia przesiewowego w kierunku zapalenia i neurodegeneracji płynu mózgowo-rdzeniowego. Badania potwierdzające i mechanistyczne nad zmianami genomu mt wywołanymi przez HIV i ART mogą zidentyfikować interwencje mające na celu zapobieganie lub leczenie powikłań neurodegeneracyjnych.