Ocena frakcji komórek rakowych jest ważna dla dokładnej analizy molekularnej, a analiza patologiczna jest złotym standardem oceny. Pomimo potencjalnej wygody nie są dostępne żadne ustalone markery molekularne do oceny. W tym badaniu mieliśmy na celu identyfikację markerów frakcji komórek raka jajnika przy użyciu metylacji DNA wysoce specyficznej dla komórek raka jajnika. Korzystając z danych dotyczących metylacji DNA całego genomu, przebadaliśmy kandydujące geny markerowe zmetylowane w 30 próbkach raka jajnika FFPE i 12 liniach komórkowych surowiczego raka jajnika o wysokim stopniu złośliwości oraz niemetylowane w dwóch żeńskich leukocytach i dwóch normalnych próbkach komórek nabłonka jajowodów.
Poziomy metylacji dwóch genów, SIM1 i ZNF154, wykazały wysoką korelację z frakcjami patologicznych komórek raka wśród 30 próbek raka jajnika FFPE (R = 0,61 dla SIM1, 0,71 dla ZNF154). W celu opłacalnej analizy próbek FFPE zaprojektowano i pomyślnie ustanowiono startery do pirosekwencjonowania dla SIM1 i ZNF154. Potwierdzono, że korelacja pomiędzy patologiczną frakcją komórek nowotworowych a poziomami metylacji uzyskanymi przez pirosekwencjonowanie jest wysoka (R = 0,53 dla SIM1, 0,64 dla ZNF154).Na koniec przeanalizowano niezależną kohortę walidacyjną 29 próbek raka jajnika FFPE. Metylacja ZNF154 wykazała wysoką korelację z patologiczną frakcją komórek nowotworowych (R = 0,77, P < 0,0001). Dlatego też uznano, że poziom metylacji ZNF154 jest przydatny do szacowania frakcji komórek raka jajnika i oczekuje się, że pomoże w dokładnej analizie molekularnej.

Walidacja  markera DNA  – selekcja wspomagana pod kątem produktywności biomasy paszowej podczas nawadniania deficytowego u lucerny

Susza i ograniczone zasoby irygacyjne zagrażają zrównoważeniu rolnictwa w wielu regionach świata. Zastosowanie strategii hodowlanych opartych na genomie może korzystnie wpłynąć na rozwój odmian roślin uprawnych w tych środowiskach. Tutaj przedstawiamy pierwszy raport na temat wpływu zastosowania selekcji wspomaganej markerami DNA (MAS) na ilościową cechę odporności na suszę u lucerny (Medicago sativa L.).
  •  Celem tego badania była walidacja wpływu kilku loci cech ilościowych (QTL) związanych z biomasą lucerny i korzenia (CR) podczas suszy oraz określenie ich potencjału do poprawy wydajności paszy z elitarnej plazmy zarodkowej w warunkach ograniczonej dostępności wody.
  • Do introgresji korzystnych lub niekorzystnych alleli markerowych DNA związanych z 10 biomasą QTL do trzech elitarnych środowisk zastosowano selekcję wspomaganą markerem.
  • Trzydzieści dwie populacje zostały opracowane i ocenione pod kątem wydajności paszy w ciągu 3 lat w warunkach ciągłego zarządzania nawadnianiem deficytowym w stanie Nowy Meksyk w USA. Znaczące różnice w plonach (w zakresie od -13 do 26%) wykryto wśród niektórych populacji pochodzących z MAS we wszystkich trzech elitarnych środowiskach.
  • Zastosowanie QTL MAS generalnie skutkowało oczekiwanymi odpowiedziami fenotypowymi w elitarnym tle genetycznym, które było podobne do tego, w którym pierwotnie zidentyfikowano QTL.
  • Jednak względna wydajność populacji różniła się znacznie w trzech tłach genetycznych. Wyniki te wskazują, że QTL MAS może znacząco wpływać na produktywność paszy z elitarnej plazmy zarodkowej lucerny w środowiskach narażonych na suszę.
  • Jednakże, jeśli QTL biomasy zostanie wykryte w plazmie zarodkowej dawcy, która jest genetycznie niepodobna do docelowych populacji elitarnych, charakterystyka alleli dawców może być uzasadniona w elitarnym tle zainteresowania w celu potwierdzenia ich efektów fenotypowych przed wdrożeniem hodowli opartej na MAS.

Charakterystyka  metylacji DNA  i ekspresji miko-RNA oraz badania przesiewowe  markerów epigenetycznych  w adipogenezie

Celem pracy było wykorzystanie metod bioinformatycznych do scharakteryzowania zmian epigenetycznych pod kątem ekspresji mikro-RNA(miRNA) i metylacji DNA podczas adipogenezy. Mikromacierz ekspresji mRNA i miRNA oraz zestaw danych metylacji DNA uzyskano z bazy danych GEO. Geny o zróżnicowanej ekspresji (DEG), miRNA o zróżnicowanej ekspresji (DEM) i sondy o zróżnicowanej metylacji (DMP) zostały przefiltrowane przy użyciu pakietu limma. Pakiet profilu klastra języka R został wykorzystany do analizy funkcjonalnej i wzbogacania.
Sieć interakcji białko-białko (PPI) została skonstruowana przy użyciu STRING i zwizualizowana w Cytoscape. Narzędzie internetowe Connection map (CMap) zostało użyte do przeszukiwania potencjalnych leków terapeutycznych pod kątem adipogenezy. Porównując wczesne i późne etapy adipogenezy, uzyskano 111 genów regulowanych w górę ukierunkowanych na niski poziom miRNA i 64 genów regulowanych w dół ukierunkowanych na wysokie miRNA , a także 663 genów o wysokiej ekspresji o niskiej metylacji i 237 genach o wysokiej ekspresji o wysokiej metylacji.
DNA Marker 100bp Plus (no dye)
DNA Marker 100bp Plus (no dye)
Ponadto 41 genów (24 podwyższone i 17 obniżone) było jednocześnie regulowanych przez nieprawidłowe zmiany miRNA i metylację DNA. Zidentyfikowano dziesięć substancji chemicznych jako przypuszczalne środki lecznicze na adipogenezę. Ponadto wśród zidentyfikowanych genów o podwójnej regulacji, CANX, HNRNPA1, MCL1 i PPIF mogą odgrywać kluczową rolę w epigenetycznej regulacji adipogenezy i mogą służyć jako nieprawidłowa metylacja lub biomarkery ukierunkowane na miRNA.

Trafność kliniczna krążącego  DNA guza jako markera  prognostycznego i predykcyjnego   dla spersonalizowanego postępowania z rakiem jelita grubego

Krążące DNA guza (ctDNA) jest obiecującym markerem biopsji płynnej (LB), wspierającym decyzje kliniczne w medycynie precyzyjnej. W celu wdrożenia do rutynowej praktyki klinicznej, klinicyści potrzebują precyzyjnych wartości granicznych poziomu ctDNA do zgłaszania choroby resztkowej i monitorowania zmian masy guza podczas terapii. Potwierdziliśmy klinicznie granicę ślepej próby (LOB) i granicę oznaczalności (LOQ) testów dla najistotniejszych klinicznie wariantów somatycznych  BRAF  p.V600E i  KRAS  p.G12/p.G13 w raku jelita grubego (CRC) w badanej kohorcie obejmujący łącznie 212 próbek osocza.
Udowadniamy, że wykrywanie choroby resztkowej przy użyciu LOB jako klinicznie zweryfikowanego punktu odcięcia dla dodatniego wyniku ctDNA jest zgodne z klinicznymi dowodami przerzutów lub nawrotów. Ponadto pokazujemy, że zmiany masy guza podczas chemioterapii i przebieg choroby są prawidłowo przewidywane przy użyciu LOQ jako punktu odcięcia ilościowych zmian ctDNA. Wysoki potencjał LB przy użyciu ctDNA do dokładnego przewidywania przebiegu choroby został udowodniony przez bezpośrednie porównanie z rutynowo stosowanym antygenem rakowo-płodowym (CEA) oraz stężeniem krążącego wolnego DNA (cfDNA). Nasze wyniki pokazują, że LB przy użyciu zwalidowanych testów ctDNA przewyższa CEA i cfDNA w wykrywaniu chorób resztkowych i przewidywaniu zmian obciążenia guzem.

Wyższa liczba mitochondrialnego  DNA policzkowego  i wspólna mitochondrialna liczba delecji są związane z  markerami  neurodegeneracji i stanu zapalnego w płynie mózgowo-rdzeniowym

Zakażenie ludzkim wirusem niedoboru odporności (HIV) jest potencjalnie związane z przedwczesnym starzeniem się, ale wykazanie tego jest trudne ze względu na brak wiarygodnych biomarkerów. Mutacja „powszechna delecja” mitochondrialnego (mt) DNA (mtCDM) to delecja 4977 pz związana ze starzeniem się i chorobami neurodegeneracyjnymi. Zbadaliśmy, jak mtDNA i mtCDM korelują z markerami neurodegeneracji i stanu zapalnego u osób z HIV i bez HIV (PWH i PWOH).
Dane od 149 dorosłych zostały połączone z dwóch projektów obejmujących PWH (n = 124) i PWOH (n = 25). Zmierzyliśmy policzkowe mtDNA i mtCDM za pomocą cyfrowej kroplowej PCR i porównaliśmy je z cechami chorobowymi i demograficznymi oraz rozpuszczalnymi biomarkerami w płynie mózgowo-rdzeniowym (CSF) i krwi mierzonymi za pomocą testu immunologicznego. Średnia wieku uczestników wynosiła 52 lata, 53% rasy białej i 81% mężczyzn. Mediana poziomu mtDNA wyniosła 1332 kopii/komórkę (IQR 1201-1493) , a mediana poziomu mtCDM wyniosła 0,36 kopii × 102 / komórkę (IQR 0,31-0,42); oba były wyższe w PWH.

100bp plus Ladder (no loading dye, 100-1500 bp)

306-005 GeneOn 50µg/250µl 50 EUR

100bp plus Ladder (no loading dye, 100-1500 bp)

306-025 GeneOn 5x50 µg 120 EUR

2X PCR Taq Plus MasterMix with dye

G014-dye ABM 5.0 ml (200 Rxns) 106 EUR

2X PCR Taq Plus MasterMix with dye

G901-dye ABM 25.0 ml (1000 Rxns) 299 EUR

100bp DNA Marker Plus-50, Ready-to-use

D1103-050 GenDepot 500 ul 151 EUR

100bp DNA Marker Plus-50, Ready-to-use

D1103-100 GenDepot 2x500 ul 192 EUR

100bp DNA Marker

20-abx098052 Abbexa
  • 272.00 EUR
  • 189.00 EUR
  • 2.5 ml
  • 500 ul

100bp DNA Marker

D1100-050 GenDepot 50㎍ 165 EUR

100bp DNA Marker

D1100-250 GenDepot 5X50㎍ 550 EUR

100bp Plus DNA Marker (12 linear double-stranded DNA bands)

20-abx098053 Abbexa
  • 272.00 EUR
  • 189.00 EUR
  • 2.5 ml
  • 500 ul

100bp Plus DNA Marker (14 linear double-stranded DNA bands)

20-abx098054 Abbexa
  • 300.00 EUR
  • 203.00 EUR
  • 2.5 ml
  • 500 ul

100 BP DNA LADDER, 500UL PER KIT

M-DNA-100BP CORNING 1/pk 73 EUR

100bp PCR Ranger DNA Marker, 100bp-To-3Kb

D1108-100 GenDepot 1ml 220 EUR

100bp PCR Ranger DNA Marker, 100bp-To-3Kb

D1108-200 GenDepot 2x1ml 309 EUR

100bp plus DNA ladder (blue, ready-to-use)

304-105 GeneOn 50µg/500µl 50 EUR

100bp plus DNA ladder (blue, ready-to-use)

304-125 GeneOn 5x50 µg 120 EUR

GelRed Prestain Plus 6X DNA Loading Dye

41011 Biotium 1mL 147 EUR

1Kb Plus DNA Marker

20-abx098051 Abbexa
  • 300.00 EUR
  • 203.00 EUR
  • 2.5 ml
  • 500 ul

DL2000 Plus DNA Marker

MD101-01 Vazyme 250 μl 107 EUR

DL2000 Plus DNA Marker

MD101-02 Vazyme 500 μl 113 EUR

100bp PCR Ranger DNA Marker, 100bp-To-3Kb, Concentrated

D2108-500 GenDepot 10x50ug 901 EUR

1000bp/1kb DNA ladder (no loading dye)

305-005 GeneOn 50µg/250µl 50 EUR

1000bp/1kb DNA ladder (no loading dye)

305-025 GeneOn 5x50µg 120 EUR

100bp DNA ladder

9K-004-0002 Bio Basic 0.5ml 217.48 EUR

2 × Taq Plus Master Mix (Dye Plus)

P212-01 Vazyme 5 ml 133 EUR

2 × Taq Plus Master Mix (Dye Plus)

P212-02 Vazyme 15 ml 193 EUR

2 × Taq Plus Master Mix (Dye Plus)

P212-03 Vazyme 50 ml 389 EUR

50bp DNA ladder (no loading dye) (50bp - 1000 bp)

300009 GeneOn 50µg/250µl 50 EUR

50bp DNA ladder (no loading dye) (50bp - 1000 bp)

300010 GeneOn 5x50 µg 120 EUR

2X PCR Taq MasterMix with dye

G013-dye ABM 5.0 ml (200 Rxns) 87 EUR

2X PCR TaqFast MasterMix with dye

G280-dye ABM 5.0 ml (200 Rxns) 134 EUR

Kodaq 2X PCR MasterMix with dye

G497-dye ABM 5.0 ml (200 Rxns) 158 EUR

2X PCR Taq MasterMix with dye

G900-dye ABM 25.0 ml (1000 Rxns) 205 EUR

2X PCR HotStart MasterMix with dye

G906-dye ABM 5.0 ml (200 Rxns) 158 EUR

iVDye 100bp DNA Ladder

V1002-001 GenDepot 1ml 166 EUR

iVDye 100bp DNA Ladder

V1002-025 GenDepot 250ul 80 EUR

iVDye 100bp DNA Ladder

V1002-100 GenDepot 4x250ul 163 EUR

iVDye 100bp DNA Ladder

V1002-250 GenDepot 10X250ul 315 EUR

2 × Taq Plus Master Mix II (Dye Plus)

P213-01 Vazyme 5 ml 134 EUR

2 × Taq Plus Master Mix II (Dye Plus)

P213-02 Vazyme 15 ml 193 EUR

2 × Taq Plus Master Mix II (Dye Plus)

P213-03 Vazyme 50 ml 389 EUR

2X PCR Precision™ MasterMix with dye

G124-dye ABM 5.0 ml (200 Rxns) 163 EUR

One-Step RT-PCR Kit with dye

G174-dye ABM 100 x 50 ul reactions 233 EUR

2X PCR Bestaq™ MasterMix with dye

G464-dye ABM 5.0 ml (200 Rxns) 158 EUR

2X PCR SensTaq HotStart MasterMix with Dye

G939-Dye ABM 5.0 ml (200 Rxns) 158 EUR

Green-DNA Dye

SB2040 Bio Basic 100UL, 100UL 67.4 EUR

DNA Loading Dye

G030 ABM 6X; 3 x 1.0 ml 79 EUR

One-for-all DNA ladder ready-to-use (100bp - 10 kb, 1 dye)

300005 GeneOn 86µg/500µl 70 EUR

One-for-all DNA ladder ready-to-use (100bp - 10 kb, 1 dye)

300006 GeneOn 5x86 µg 211 EUR

One-for-all DNA ladder ready-to-use (100bp - 10 kb, 1 dye)

300006L GeneOn 10x86 µg 388 EUR

One-for-all DNA ladder ready-to-use (100bp - 10 kb, 1 dye)

300006XL GeneOn 20x86 µg 745 EUR

2 × Taq Master Mix (Dye Plus)

P112-01 Vazyme 5 ml 117 EUR

2 × Taq Master Mix (Dye Plus)

P112-02 Vazyme 15 ml 146 EUR

2 × Taq Master Mix (Dye Plus)

P112-03 Vazyme 50 ml 236 EUR

2 × AceTaq Master Mix (Dye Plus)

P412-01 Vazyme 1 ml 119 EUR

2 × AceTaq Master Mix (Dye Plus)

P412-02 Vazyme 5 ml 158 EUR

2 × AceTaq Master Mix (Dye Plus)

P412-03 Vazyme 15 ml 262 EUR

2K Plus DNA Marker (8 linear double-stranded DNA bands)

20-abx098046 Abbexa
  • 258.00 EUR
  • 189.00 EUR
  • 2.5 ml
  • 500 ul

2K Plus DNA Marker (9 linear double-stranded DNA bands)

20-abx098047 Abbexa
  • 258.00 EUR
  • 189.00 EUR
  • 2.5 ml
  • 500 ul

TaqProbe 5X qPCR MasterMix-No Dye

MasterMix-5PS ABM 4 x 1.0 ml for 1000 reactions (20 ul) 213 EUR

BrightGreen 5X qPCR MasterMix-No Dye

MasterMix-5S ABM 4 x 1.0 ml for 1000 reactions (20 ul) 213 EUR

KiloGreen 2X qPCR MasterMix-No Dye

MasterMix-KS ABM 4 x 1.25 ml - 500 reactions (20 ul) 140 EUR

BrightGreen miRNA qPCR MasterMix-No Dye

MasterMix-mS ABM 4 x 1.25 ml for 500 reactions 151 EUR

TaqProbe 2X qPCR MasterMix-No Dye

MasterMix-PS ABM 4 x 1.25 ml for 500 reactions (20 ul) 140 EUR

BrightGreen 2X qPCR MasterMix-No Dye

MasterMix-S ABM 4 x 1.25 ml for 500 reactions (20 ul) 140 EUR

BrightGreen 2X qPCR MasterMix-No Dye

MasterMix-S-XL ABM 16 x 1.25 ml for 2000 reactions (20 ul) 376 EUR

DNA Loading Green Dye

G924 ABM 6X; 3 x 1.0 ml 79 EUR

200-2000bp DNA Marker Plus, Ready-to-use

GM401 Bio Basic 50loading, 50prep 60.44 EUR

100-5000bp DNA Marker Plus, Ready-to-use

SGM03 Bio Basic 50loading, 50prep 67.4 EUR

KP Marker Plus

KPM-1 ScyTek Laboratories 12 Pen(s) 117 EUR

2 × Vazyme LAmp Master Mix (Dye Plus)

P312-01 Vazyme 1 ml 138 EUR

2 × Vazyme LAmp Master Mix (Dye Plus)

P312-02 Vazyme 5 ml 212 EUR

2 × Vazyme LAmp Master Mix (Dye Plus)

P312-03 Vazyme 15 ml 401 EUR

2 × Phanta Max Master Mix (Dye Plus)

P525-01 Vazyme 1 ml 145 EUR

2 × Phanta Max Master Mix (Dye Plus)

P525-02 Vazyme 5 ml 269 EUR

2 × Phanta Max Master Mix (Dye Plus)

P525-03 Vazyme 15 ml 575 EUR

Taq Plus DNA Polymerase

P201-01 Vazyme 250 U 123 EUR

Taq Plus DNA Polymerase

P201-02 Vazyme 1000 U 178 EUR

Taq Plus DNA Polymerase

P201-03 Vazyme 3000 U 319 EUR

One-Step BrightGreen qRT-PCR-No Dye

G471-S ABM 100 rxn (20 ul/rxn) 158 EUR

One-Step TaqProbe qRT-PCR-No Dye

G493-PS ABM 100 rxn (20 ul/rxn) 158 EUR

BrightGreen Express 2X qPCR MasterMix-No Dye

MasterMix-ES ABM 4 x 1.25 ml for 500 reactions (20 ul) 140 EUR

2× EpiArt HS Taq Master Mix (Dye Plus)

EM202-01 Vazyme 1ml 145 EUR

2× EpiArt HS Taq Master Mix (Dye Plus)

EM202-02 Vazyme 5 ml (5×1ml) 303 EUR

2× EpiArt HS Taq Master Mix (Dye Plus)

EM202-03 Vazyme 15 ml (15×1ml) 642 EUR

Azura PureView 100bp DNA Ladder - 100 Lanes

AZ-1131 Real Time Primers 100 Lanes 117 EUR

Azura PureView 100bp DNA Ladder - 500 Lanes

AZ-1135 Real Time Primers 500 Lanes 231 EUR

Azura PureView 100bp DNA Ladder - 1000 Lanes

AZ-1135-2 Real Time Primers 1000 Lanes 272 EUR

100 bp DNA Ladder Plus, loading dye included, 50 ug, 0.5 ug per lane

Z6030001-2 Biochain 100 lanes 102 EUR

100 bp DNA Ladder Plus, loading dye included, 250 ug, 0.5 ug per lane

Z6030001-4 Biochain 500 lanes 259 EUR

ExCellenCT One-Step BrightGreen qRT-PCR-No Dye

G917-S ABM 25 Preps 100 x 20 ul reactions 177 EUR

ExCellenCT One-Step TaqProbe qRT-PCR-No Dye

G918-PS ABM 25 Preps 100 x 20 ul reactions 177 EUR

KD Plus DNA Polymerase Enzyme

abx071022-100U Abbexa 100 U 244 EUR

KD Plus DNA Polymerase Enzyme

abx071022-1200U Abbexa 1200 U 899 EUR

KD Plus DNA Polymerase Enzyme

abx071022-200U Abbexa 200 U 314 EUR

Taq Plus DNA Polymerase (Recombinant)

abx073522-2500U Abbexa 2.500 U 592 EUR

Taq Plus DNA Polymerase (Recombinant)

abx073522-250U Abbexa 250 U 230 EUR

Taq Plus DNA Polymerase (Recombinant)

abx073522-750U Abbexa 750 U 328 EUR

Recombinant Taq Plus DNA Polymerase

7-03631 CHI Scientific 250U Ask for price

Recombinant Taq Plus DNA Polymerase

7-03632 CHI Scientific 750U Ask for price
W najlepszym modelu dostosowanym do statusu HIV i demografii, wyższe poziomy mtDNA wiązały się z wyższymi poziomami amyloidu-β 1-42 i 8-hydroksy-2′-deoksyguanozyny w płynie mózgowo-rdzeniowym, a wyższe poziomy mtCDM wiązały się z wyższymi rozpuszczalnym w osoczu receptorem czynnika martwicy nowotworu II. Różnice w markerach mtDNA między PWH i PWOH wspierają potencjalne przedwczesne starzenie się PWH. Nasze odkrycia sugerują, że zmiany mtDNA w tkankach jamy ustnej mogą odzwierciedlać procesy ośrodkowego układu nerwowego, umożliwiając wykorzystanie niedrogich i łatwo dostępnych biopróbek policzkowych jako narzędzia przesiewowego w kierunku zapalenia i neurodegeneracji płynu mózgowo-rdzeniowego. Badania potwierdzające i mechanistyczne nad zmianami genomu mt wywołanymi przez HIV i ART mogą zidentyfikować interwencje mające na celu zapobieganie lub leczenie powikłań neurodegeneracyjnych.

Leave a Reply

Your email address will not be published.