Wątroba odgrywa kluczową rolę w metabolizmie składników odżywczych, leków, hormonów i produktów przemiany materii, utrzymując w ten sposób homeostazę organizmu. W starszym wieku wątroba ulega znacznym zmianom w budowie i funkcjonowaniu. Takie zmiany są związane ze znacznym upośledzeniem wielu czynności metabolicznych i detoksykacyjnych wątroby, co ma wpływ na starzenie się ogólnoustrojowe i choroby związane z wiekiem.
Przy użyciu modeli gryzoni jako narzędzi biologicznych stało się jasne, że niestabilność genetyczna w postaci dużych rearanżacji DNA lub mutacji punktowych kumuluje się z wiekiem w wątrobie. Zmiany DNA, takie jak utlenione zasady lub uporczywe pęknięcia, zwiększają się wraz z wiekiem i dobrze korelują z obecnością starzejących się hepatocytów. Na poziom uszkodzenia i/lub mutacji DNA mogą wpływać zmiany w aktywacji czynnika rakotwórczego, zmniejszona zdolność do naprawy DNA lub kombinacja tych czynników. W artykule omówiono niektóre szlaki naprawy DNA, które wpływają na homeostazę wątroby wraz z wiekiem, wykorzystując gryzonie jako systemy modelowe.
Geny kapsydu wirusa związanego z adenowirusem (AAV) wyizolowane z genomowego DNA wątroby szczura i myszy definiują dwa nowe gatunki AAV daleko spokrewnione z AAV-5.
Stosując reakcje łańcuchowe polimerazy i strategie chodzenia po genomie, geny kapsydu podobne do adenowirusów (AAV) wyizolowano z genomowego DNA wątroby szczura i myszy, gdzie są one obecne w ilości <5 kopii na komórkę. Geny te definiują dwa nowe gatunki AAV, ponieważ ich sekwencje aminokwasowe są w <60% identyczne ze sobą lub z jakimkolwiek innym kapsydem AAV. Są najbardziej podobne do kapsydów AAV-5 i koziego AAV. Rekombinowany wektor z mysim kapsydem AAV i transgenem lacZ (rAAV-mo.1 lacZ) był zdolny do transdukcji linii komórkowych gryzoni in vitro.
Jednak nie był w stanie dokonać transdukcji ośmiu ludzkich linii komórkowych lub pierwotnych ludzkich fibroblastów in vitro. Nie wiązał heparyny, a jego zdolność do transdukcji komórek in vitro nie była hamowana przez heparynę, mucynę ani kwas sialowy, co sugeruje, że wykorzystuje nowy receptor wejścia. rAAV-mo.1 lacZ był 29 razy bardziej odporny na neutralizację in vitro przez połączone, oczyszczone ludzkie IgG niż AAV-2. In vivo rAAV-mo.1 lacZ skutecznie transdukował mysie komórki oka po wstrzyknięciu podsiatkówkowym.
Domięśniowe wstrzyknięcie wektora ludzkiego czynnika IX rAAV-mo.1 (hFIX) myszom nie dało wykrywalnego hFIX w osoczu, ale wstrzyknięcie dożylne skutkowało wysokim poziomem hFIX w osoczu, równoważnym do tego uzyskanego z wektora rAAV-8 hFIX. Analiza biodystrybucji wykazała, że rAAV-mo.1 transdukował głównie wątrobę po wstrzyknięciu dożylnym. Te kapsydy AAV mogą być przydatne do przenoszenia genów u gryzoni.
Restriction landmark skanowanie genomowe (RLGS-M) oparte na skanowaniu całego genomu mysich guzów wątroby pod kątem zmian w stanie metylacji DNA .
Restrykcyjne, przełomowe skanowanie genomowe pod kątem metylacji (RLGS-M) zostało użyte do wykrycia, a następnie sklonowania, regionów genomu ze zmianami w metylacji DNA związanej z nowotworzeniem. Użycie enzymu wrażliwego na metylację do przełomowego cięcia umożliwia analizę zmian we wzorcach metylacji. W tym badaniu zastosowaliśmy RLGS-M do analizy indukowanych antygenem SV40 T mysich guzów wątroby pochodzących z międzygatunkowych hybryd F1 między Mus spretus (S) i C57BL/6 (B6). Ponieważ zmapowano 575 loci/plam RLGS specyficznych dla S i B6, zmiany związane z nowotworem w profilu RLGS mogą być natychmiast zlokalizowane w określonych regionach chromosomowych.
Wcześniej stwierdziliśmy, że utratę sąsiadujących loci/plam można przypisać głównie utracie DNA, podczas gdy utratę pojedynczych loci/plam można przypisać przede wszystkim metylacji DNA. W tym badaniu zbadaliśmy 30 próbek nowotworu wątroby myszy pod kątem utraty 507 zmapowanych loci/plam. Czternaście pojedynczych loci/plam, w których stwierdzono brak lub zmniejszenie w ponad 75% próbek guza, sklonowano i poddano analizie sekwencji DNA.
Zidentyfikowano dwa loci jako integrynę alfa4 i geny p16/CDKN2, o których doniesiono, że są zaangażowane w nowotworzenie. Tak więc RLGS-M może wykrywać zmiany w stanie metylacji znanych genów supresorowych guza i zapewnia sposób wykrywania, a następnie klonowania nowych regionów genomowych, które podlegają zmianom w metylacji podczas nowotworzenia.
Wykrywanie zmian genomowych w nowotworach wątroby myszy wywołanych przez czynniki rakotwórcze za pomocą analizy odcisków palców DNA
Analiza odcisków palców DNA została wykorzystana do zbadania nieprawidłowości strukturalnych w genomie mysich komórek nowotworowych wątroby. Nowotwory wątroby indukowano u trzech szczepów myszy, mianowicie C57BL/6J, C3H/He i B6C3F1 przez pojedyncze wstrzyknięcie 20 mikrogramów/g wagi ciała. dietylonitrozoamina w 15 dniu po urodzeniu. DNA z guzów wątroby trawiono enzymem restrykcyjnym Hinfl i hybrydyzowano na blotach Southerna z DNA bakteriofaga M13 typu dzikiego jako sondą. Powstałe odciski palców DNA guza porównano z odciskami DNA z prawidłowej tkanki wątroby. Aberracje genomowe wykryto w dwóch z 68 analizowanych guzów, jeden pochodził od myszy C57BL/6J, a drugi od myszy C3H/He.
Wykrywanie edycji CRISPR w całym genomie in vivo za pomocą znacznika GUIDE
Analiza edycji poza celami jest ważnym aspektem opracowywania bezpiecznych środków terapeutycznych do edycji genomu opartych na nukleazie. Ocena in vivo aktywności nukleazy poza celem była głównie pośrednia (oparta na odkryciu in vitro, w komórkach lub przez przewidywanie obliczeniowe) lub poprzez wykrywanie oparte na ChIP wykrywanie czynników naprawy dwuniciowego pęknięcia DNA (DSB), które mogą być uciążliwe. W niniejszym dokumencie opisujemy znacznik GUIDE, który umożliwia jednoetapową analizę edycji genomu poza docelowym w wątrobie i płucu myszy .
System GUIDE-tag wykorzystuje wiązanie między nukleazą Cas9 i dawcą DNA w celu zwiększenia szybkości wychwytywania DSB za pośrednictwem nukleazy i włączania UMI poprzez znakowanie Tn5 w celu uniknięcia błędu PCR. Składniki te mogą być dostarczane jako kompleksy rybonukleoproteinowe SpyCas9 -mSA i dawca biotyny-ds DNA do analizy edycji in vivo. Tag GUIDE umożliwia wykrywanie witryn poza celem, w których współczynnik edycji wynosi ≥ 0,2%. Analiza UDiTaS wykorzystująca ten sam znakowany genomowy DNA wykrywa zdarzenia translokacji o niskiej częstotliwości z miejscami poza docelowymi i dużymi delecjami in vivo. SpyCas9-mSA i biotyna-ds DNA System zapewnia metodę przechwytywania loci DSB in vivo w różnych tkankach z przepływem pracy, który jest podatny na analizę dużych zmian genomowych , które są związane z edycją genomu.
PICH wspiera hematopoezę embrionów poprzez tłumienie odpowiedzi interferonu za pośrednictwem cGAS-STING
Białko helikazy punktu kontrolnego oddziałujące z Plk1 (PICH) lokalizuje się w ultradrobnych mostkach DNA anafazy w mitozie wraz z kompleksem białek naprawczych DNA . Wcześniejsze badania wykazały u myszy wywołaną niedoborem PICH śmiertelność embrionów. Jednak funkcja PICH, która jest wymagana do tłumienia śmiertelności embrionalnej u ssaków z niedoborem PICH, pozostaje do ustalenia. Wcześniejsze badania kliniczne sugerują związek między niedoborem PICH a wystąpieniem nabytej niedokrwistości aplastycznej.
Genomic DNA from Liver Cirrhosis: Liver, from a single donor |
|||
| D1236149Lcs | Biochain | 50 ug | 446 EUR |
FFPE Genomic DNA - Human Adult Normal Tissue: Liver |
|||
| D2234149 | Biochain | 2 ug | 599 EUR |
Genomic DNA - Mouse Male |
|||
| D1334999-G01 | Biochain | 100 ug | 188 EUR |
Genomic DNA - Mouse Female |
|||
| D1334999-G02 | Biochain | 100 ug | 188 EUR |
Genomic DNA from Lupus: Liver, from a single donor |
|||
| D1236149Lup | Biochain | 50 ug | 446 EUR |
Human Genomic DNA |
|||
| BIO-35025 | Bioline | 500µl @ 200ng/µl | Ask for price |
Human Genomic DNA |
|||
| X11000 | EpiGentek | 0.2 ml | Ask for price |
Genomic DNA Kit |
|||
| 20-abx098076 | Abbexa |
|
|
Genomic DNA from Liver Cirrhosis: Colon, from a single donor |
|||
| D1236090Lcs | Biochain | 50 ug | 446 EUR |
Genomic DNA from Liver Cirrhosis: Heart, from a single donor |
|||
| D1236122Lcs | Biochain | 50 ug | 446 EUR |
Genomic DNA from Liver Cirrhosis: Kidney, from a single donor |
|||
| D1236142Lcs | Biochain | 50 ug | 446 EUR |
Genomic DNA - Human Diabetic Tissue: Liver, from a single donor |
|||
| D1236149Dia | Biochain | 50 ug | 446 EUR |
Genomic DNA from Liver Cirrhosis: Lung, from a single donor |
|||
| D1236152Lcs | Biochain | 50 ug | 446 EUR |
Genomic DNA from Liver Cirrhosis: Diaphragm, from a single donor |
|||
| D1236169Lcs | Biochain | 50 ug | 446 EUR |
Genomic DNA from Liver Cirrhosis: Pancreas, from a single donor |
|||
| D1236188Lcs | Biochain | 50 ug | 446 EUR |
Genomic DNA from Liver Cirrhosis: Rectum, from a single donor |
|||
| D1236206Lcs | Biochain | 50 ug | 446 EUR |
Genomic DNA from Liver Cirrhosis: Spleen, from a single donor |
|||
| D1236246Lcs | Biochain | 50 ug | 446 EUR |
Human Brain Genomic DNA |
|||
| X11001 | EpiGentek | 10 µg | Ask for price |
Plant Genomic DNA Kit |
|||
| 20-abx098077 | Abbexa |
|
|
Bacteria Genomic DNA Kit |
|||
| 20-abx098080 | Abbexa |
|
|
Micro Genomic DNA Kit |
|||
| 20-abx098242 | Abbexa |
|
|
Blood Genomic DNA Kit |
|||
| abx098868-50rxns | Abbexa | 50 rxns | 272 EUR |
Plant Genomic DNA Kit |
|||
| abx294004-50preps | Abbexa | 50 preps | 398 EUR |
Animal Genomic DNA Kit |
|||
| abx294005-100preps | Abbexa | 100 preps | 523 EUR |
Animal Genomic DNA Kit |
|||
| abx294005-50preps | Abbexa | 50 preps | 398 EUR |
Genomic DNA Isolation Kit |
|||
| K2118-50 | ApexBio | 50 assays | 321 EUR |
Soil Genomic DNA Kit |
|||
| K1411-250 | Biovision | 561 EUR | |
Soil Genomic DNA Kit |
|||
| K1411-50 | Biovision | 316 EUR | |
Insect Genomic DNA Kit |
|||
| K1412-250 | Biovision | 561 EUR | |
Insect Genomic DNA Kit |
|||
| K1412-50 | Biovision | 316 EUR | |
Mollusc Genomic DNA Kit |
|||
| K1413-250 | Biovision | 561 EUR | |
Mollusc Genomic DNA Kit |
|||
| K1413-50 | Biovision | 316 EUR | |
Yeast Genomic DNA Kit |
|||
| K1414-250 | Biovision | 561 EUR | |
Yeast Genomic DNA Kit |
|||
| K1414-50 | Biovision | 316 EUR | |
Fungal Genomic DNA Kit |
|||
| K1415-250 | Biovision | 561 EUR | |
Fungal Genomic DNA Kit |
|||
| K1415-50 | Biovision | 316 EUR | |
Genomic DNA Isolation Kit |
|||
| K281-50 | Biovision | 272 EUR | |
Genomic DNA - Human Male |
|||
| D1234999-G01 | Biochain | 100 ug | 188 EUR |
Genomic DNA - Human Female |
|||
| D1234999-G02 | Biochain | 100 ug | 188 EUR |
Genomic DNA - Rat Male |
|||
| D1434999-G01 | Biochain | 100 ug | 188 EUR |
Genomic DNA - Rat Female |
|||
| D1434999-G02 | Biochain | 100 ug | 188 EUR |
Genomic DNA - Dog Male |
|||
| D1734999-G01 | Biochain | 100 ug | 188 EUR |
Genomic DNA - Dog Female |
|||
| D1734999-G02 | Biochain | 100 ug | 188 EUR |
Genomic DNA - Rabbit Male |
|||
| D1834999-G01 | Biochain | 100 ug | 188 EUR |
Genomic DNA - Rabbit Female |
|||
| D1834999-G02 | Biochain | 100 ug | 188 EUR |
Genomic DNA - Porcine Male |
|||
| D1934999-G01 | Biochain | 100 ug | 188 EUR |
Genomic DNA - Porcine Female |
|||
| D1934999-G02 | Biochain | 100 ug | 188 EUR |
Genomic DNA - Bovine Male |
|||
| D1B34999-G01 | Biochain | 100 ug | 188 EUR |
Genomic DNA - Bovine Female |
|||
| D1B34999-G02 | Biochain | 100 ug | 188 EUR |
Genomic DNA - Chicken Male |
|||
| D1C34999-G01 | Biochain | 100 ug | 188 EUR |
Genomic DNA - Chicken Female |
|||
| D1C34999-G02 | Biochain | 100 ug | 188 EUR |
Genomic DNA - Hamster Male |
|||
| D1H34999-G01 | Biochain | 100 ug | 188 EUR |
Genomic DNA - Hamster Female |
|||
| D1H34999-G02 | Biochain | 100 ug | 188 EUR |
Genomic DNA - Horse Male |
|||
| D1O34999-G01 | Biochain | 100 ug | 188 EUR |
Genomic DNA - Horse Female |
|||
| D1O34999-G02 | Biochain | 100 ug | 188 EUR |
Genomic DNA Extraction Kit |
|||
| K5016005 | Biochain | 1 kit | 329 EUR |
Genomic DNA Isolation Kit |
|||
| 55R-1362 | Fitzgerald | 50 assays | 385 EUR |
Genomic DNA from Liver Cirrhosis: Small Intestine, from a single donor |
|||
| D1236226Lcs | Biochain | 50 ug | 446 EUR |
Genomic DNA from Human Adult Normal Tissue: Liver, from a single donor |
|||
| D1234149 | Biochain | 100 ug | 282 EUR |
Genomic DNA from Human Tumor Tissue: Liver Tumor, from a single donor |
|||
| D1235149 | Biochain | 50 ug | 446 EUR |
FFPE and Frozen Matching Pair Genomic DNA: Human Adult Normal Tissue: Liver |
|||
| D8234149-FP | Biochain | 2 x 2 ug | 1735 EUR |
Genomic DNA Extraction and Purification |
|||
| EP10012 | Neuromics | 100 Tests | 505 EUR |
Genomic DNA Extraction KitAnimal Tissue |
|||
| FYG102-100P | Yeastern Biotech | 100 Preps | Ask for price |
Genomic DNA Extraction KitAnimal Tissue |
|||
| FYG102-300P | Yeastern Biotech | 300 Preps | Ask for price |
Genomic DNA Extraction KitAnimal Tissue |
|||
| FYG102-50P | Yeastern Biotech | 50 Preps | Ask for price |
Genomic DNA Extraction Maxi KitPlant |
|||
| FYG104-10P | Yeastern Biotech | 10 Preps | Ask for price |
Genomic DNA Extraction Maxi KitPlant |
|||
| FYG104-25P | Yeastern Biotech | 25 Preps | Ask for price |
ISOLATE II Genomic DNA Kit |
|||
| BIO-52065 | Bioline | 10 preps | Ask for price |
ISOLATE II Genomic DNA Kit |
|||
| BIO-52066 | Bioline | 50 preps | Ask for price |
ISOLATE II Genomic DNA Kit |
|||
| BIO-52067 | Bioline | 250 preps | Ask for price |
Plant Genomic DNA extraction buffer |
|||
| 20-abx098075 | Abbexa |
|
|
Marine Animal Genomic DNA Kit |
|||
| 20-abx098079 | Abbexa |
|
|
FFPE Tissue Genomic DNA Kit |
|||
| abx098866-50rxns | Abbexa | 50 rxns | 272 EUR |
Zenoquick Genomic DNA Purification Kit |
|||
| Z2003-200 | GenDepot | 200 preps | 631 EUR |
Zenoprep Genomic DNA Purification Kit |
|||
| Z2004-400 | GenDepot | 400 preps | 550 EUR |
AccuRT Genomic DNA Removal Kit |
|||
| G488 | ABM | 200 Reactions | 82 EUR |
Bacterial Genomic DNA Isolation Kit |
|||
| K309-100 | Biovision | 376 EUR | |
Genomic DNA - Cynomolgus Monkey Male |
|||
| D1534999-Cy-G01 | Biochain | 100 ug | 188 EUR |
Genomic DNA - Cynomolgus Monkey Female |
|||
| D1534999-Cy-G02 | Biochain | 100 ug | 188 EUR |
Genomic DNA - Rhesus Monkey Male |
|||
| D1534999-G01 | Biochain | 100 ug | 188 EUR |
Genomic DNA - Rhesus Monkey Female |
|||
| D1534999-G02 | Biochain | 100 ug | 188 EUR |
Genomic DNA - Guinea Pig Male |
|||
| D1G34999-G01 | Biochain | 100 ug | 188 EUR |
Genomic DNA - Guinea Pig Female |
|||
| D1G34999-G02 | Biochain | 100 ug | 188 EUR |
Mouse Tail Genomic DNA Extraction Kit(250) |
|||
| M9100-250 | GenDepot | 250 prep | 536 EUR |
Genomic DNA from Mouse Normal Tissue: Brain |
|||
| D1334035 | Biochain | 100 ug | 282 EUR |
Genomic DNA from Mouse Normal Tissue: Heart |
|||
| D1334122 | Biochain | 100 ug | 282 EUR |
Genomic DNA from Mouse Normal Tissue: Kidney |
|||
| D1334142 | Biochain | 100 ug | 282 EUR |
Genomic DNA from Mouse Normal Tissue: Lung |
|||
| D1334152 | Biochain | 100 ug | 282 EUR |
Genomic DNA from Mouse Normal Tissue: Spleen |
|||
| D1334246 | Biochain | 100 ug | 282 EUR |
Genomic DNA from Mouse Normal Tissue: Stomach |
|||
| D1334248 | Biochain | 100 ug | 282 EUR |
100 BP DNA LADDER, 500UL PER KIT |
|||
| M-DNA-100BP | CORNING | 1/pk | 73 EUR |
1 KB DNA LADDER, 500UL PER KIT |
|||
| M-DNA-1KB | CORNING | 1/pk | 70 EUR |
Genomic DNA from Mouse Normal Tissue: Skeletal Muscle |
|||
| D1334171 | Biochain | 100 ug | 282 EUR |
Genomic DNA from Mouse Normal Tissue: Small Intestine |
|||
| D1334226 | Biochain | 100 ug | 282 EUR |
Rapid Fungal Genomic DNA Isolation Kit |
|||
| FT71415 | Bio Basic | 50Preps | 76.64 EUR |
Genomic DNA Extraction Mini KitPlant Tissue |
|||
| FYG103-100P | Yeastern Biotech | 100 Preps | Ask for price |
Easy3-Plant Genomic DNA Isolation Kit |
|||
| FYG503-100P | Yeastern Biotech | 100 Preps | Ask for price |
Easy3-Plant Genomic DNA Isolation Kit |
|||
| FYG503-500P | Yeastern Biotech | 500 Preps | Ask for price |
×
Tutaj, używając mysich modeli Pich knock-out (KO), autorzy dostarczają dowodów na mechanistyczny związek między niedoborem PICH a wadliwą hematopoezą. Wątroby płodowe z zarodków Pich-KO wykazują znacznie podwyższoną liczbę hematopoetycznych komórek macierzystych (HSC); jednak te HSC wykazują wyższy poziom apoptozy i znacznie zmniejszoną zdolność do odtwarzania funkcjonalnego układu krwiotwórczego po przeszczepieniu śmiertelnie napromieniowanym biorcom. Co więcej, te HSC wykazują podwyższony cytoplazmatyczny ds DNA ekspresja i aktywacja szlaku cGAS-STING, powodując nadmierną produkcję interferonów typu I (IFN). Co ważne, usunięcie Ifnar1 lub cGAS odwraca wadliwą hematopoezę. Autorzy wnioskują, że utrata PICH powoduje wadliwą hematopoezę poprzez wytwarzanie IFN typu I za pośrednictwem cGAS-STING.