Kamitex

Mikrobiomy roślin  : czy różne  podejścia do konserwacji  i zestawy podkładów zmieniają naszą zdolność do oceny różnorodności mikrobiologicznej i składu społeczności?

• W tym miejscu naszym celem było zbadanie wpływu różnych metod konserwacji (zamrażanie, świeże i przechowywane na lodzie oraz suszenie powietrzem) na różnorodność bakterii i grzybów oraz skład zbiorowiska na liściach, łodygach i korzeniach siedmiu gatunków roślin z kontrastujących grup funkcjonalnych (np. C3, C4, N-utrwalacze itp.).
• Kolejne poważne wyzwanie pojawia się przy porównywaniu mikrobiomów roślinnych i glebowych, ponieważ różne zestawy podkładów są często używane do mikrobiomów roślinnych i glebowych.
• W związku z tym zbadaliśmy również, czy szeroko stosowany zestaw starterów 16S rRNA (779F/1193R) do badań mikrobiomu roślin dostarcza porównywalnych danych z tymi często używanymi do badań mikrobiomów glebowych (341F/805R) przy użyciu 86 próbek gleby.
• Odkryliśmy, że skład społeczności i różnorodność bakterii lub grzybów były odporne na kontrastujące metody konserwacji. Zestawy podkładowe często stosowane w przypadku roślin dawały podobne wyniki do tych często stosowanych w badaniach gleby, co sugeruje, że możliwe są jednoczesne badania mikrobiomów roślinnych i glebowych.
• Nasze odkrycia dostarczają nowych dowodów na to, że metody konserwacji nie wpływają znacząco na interpretację danych dotyczących mikrobiomu roślin, a różnice w elementach nie wpływają na efekt leczenia, co ma znaczące implikacje dla przyszłych wielkoskalowych i globalnych badań mikrobiomów roślin.